ATAC-seq
定义:
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是使用高通量测序对Tn5转座酶易接近性染色质区域进行测序分析的一种表观遗传学研究技术。
该技术有两大特点:(1)转座酶只对开放染色质区域进行切割;(2)转座酶可以同时对切割下来的DNA片段的两端添加测序接头。
实验原理和方法:
(1)收集细胞或组织,制备细胞悬液;
(2)加入细胞膜裂解液,获得细胞核;
(3)加入Tn5转座酶,对处于开放状态的DNA进行酶切;
(4)回收酶切下来的DNA片段,PCR扩增后进行二代高通量测序。
测序参数:illumina/BGI平台,6G
应用方向:
1. 染色质开放性图谱绘制,注释全基因组调控元件;
2. 预测参与调控生物学过程的转录因子;
结果示例:
(1)全基因组开放性区域图谱分析
不同样本间基因活性调控序列图谱
(2)motif分析预测转录因子结合蛋白
(3)ATAC-seq与RNA-seq联合分析
基因结构开放状态与基因表达水平关联分析
样本准备: