ChIP-seq
ChIP-seq技术结合染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）与高通量测序，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。
ChIP-seq技术是将ChIP与高通量二代测序结合，从基因组范围内检测组蛋白、转录因子等蛋白质结合的DNA区段。研究转录因子及其他与染色质相关的蛋白如何影响表观调控，检测在一些生物过程与疾病中，DNA与蛋白质相互作用调控基因表达的重要性。结合生物信息学分析，能够找到转录因子下游调控的靶基因，为进一步阐明生物学机制提供依据。
技术优势：
1. 全基因组覆盖：ChIP-Seq可在全基因组范围单碱基水平对蛋白结合位点进行筛选与鉴定。
2. 高灵敏度：每个样本可获得数百万条的序列标签，可发现研究基因组上稀有的蛋白结合位点。
3. 高精确率：可获得高水平的信噪比数据，准确区分真实事件与噪音，精确定位蛋白结合位点。
实验原理：
首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。
应用：（1）判断DNA链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰；
（2）检测RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点的精确定位；
（3）研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系；
（4）CTCF转录因子研究。
