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高通量染色质捕获技术-Hi-C

定义:

Hi-CHigh-throughput chromosome conformation capture, 高通量染色体构象捕获)是一种可用于研究基因组三维结构的创新技术。通过对细胞核内有染色质互作信息的片段进行高通量测序和分析,获得全基因组范围内的空间相互信息,可用于发现三维空间中的远程调控元件,揭示空间结构调控基因功能发挥的机制。

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测序参数:BGI/illumina PE150  100-300x测序深度

生信分析:

1. 互作矩阵

2. 分辨率评估

3. 距离与互作强度关系分析

4. Compartment结构分析

5. TAD结构分析

6. 显著互作位点分析(Loops

7. FIRE(Frequently Interacting Regions)检测

8. 以上条目的样本间互作差异分析

9. RNA-seqATACChip-seq等多组学联合分析

应用场景

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样本准备

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