高通量染色质捕获技术-Hi-C
定义:
Hi-C(High-throughput chromosome conformation capture, 高通量染色体构象捕获)是一种可用于研究基因组三维结构的创新技术。通过对细胞核内有染色质互作信息的片段进行高通量测序和分析,获得全基因组范围内的空间相互信息,可用于发现三维空间中的远程调控元件,揭示空间结构调控基因功能发挥的机制。
测序参数:BGI/illumina PE150 100-300x测序深度
生信分析:
1. 互作矩阵
2. 分辨率评估
3. 距离与互作强度关系分析
4. Compartment结构分析
5. TAD结构分析
6. 显著互作位点分析(Loops)
7. FIRE(Frequently Interacting Regions)检测
8. 以上条目的样本间互作差异分析
9. 与RNA-seq、ATAC、Chip-seq等多组学联合分析
应用场景
样本准备