ATAC-seq技术是使用高通量测序对Tn5转座酶易接近性染色质区域（开放染色质区域）进行测序分析的一种表观遗传学研究技术。该技术通常和RNA-seq技术联合应用于：开放染色质区域预测、转录因子结合位点及转录调控机制。   

ATAC-seq和RNA-seq是发育、疾病、肿瘤、胁迫、药物等研究领域常用的表观多组学技术组合。

01. 案例背景介绍

    纹状体（striatum）失调会引发多种神经精神疾病，包括亨廷顿氏症（HD）、帕金森氏症、X-连锁肌张力障碍-帕金森症、成瘾、自闭症和精神分裂症。人类的背侧纹状体由尾状核和壳核组成，但在小鼠中由单个核组成，可以调节运动、奖励和认知方面。纹状体的功能依赖于神经元划分为纹状小体（striosome）和基质体（matirx），纹状小体占据体积的10-15%，并分散在基质占据的80-85%中。纹状体和基质的神经发生产生不同的波，但调节分区和神经元分化的机制仍是未知的。目前，还没有稳健的纹状体细胞生成方案用于体外研究和替代治疗。

02. 案例设计和测序方案

英文：Unbiased identification of novel transcription factors in striatal compartmentation and striosome maturation

中 文：在纹状体分区和纹状小体成熟过程中鉴定到新转录因子

期 刊：eLife（IF：7.08）

数 据：材料是出生后3天（PND3）的Nr4a1-EGFP小鼠，通过荧光活化细胞分选（FACS）得到两类细胞：Nr4a1-EGFP阳性细胞群代表纹状小体，Nr4a1-EGFP阴性细胞群代表基质体，进行RNA-seq和ATAC-seq建库（图1）。