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ATAC-seq技术是使用高通量测序对Tn5转座酶易接近性染色质区域(开放染色质区域)进行测序分析的一种表观遗传学研究技术。该技术通常和RNA-seq技术联合应用于:开放染色质区域预测、转录因子结合位点及转录调控机制。   


ATAC-seq和RNA-seq是发育、疾病、肿瘤、胁迫、药物等研究领域常用的表观多组学技术组合。






01. 案例背景介绍






    纹状体(striatum)失调会引发多种神经精神疾病,包括亨廷顿氏症(HD)、帕金森氏症、X-连锁肌张力障碍-帕金森症、成瘾、自闭症和精神分裂症。人类的背侧纹状体由尾状核和壳核组成,但在小鼠中由单个核组成,可以调节运动、奖励和认知方面。纹状体的功能依赖于神经元划分为纹状小体(striosome)和基质体(matirx),纹状小体占据体积的10-15%,并分散在基质占据的80-85%中。纹状体和基质的神经发生产生不同的波,但调节分区和神经元分化的机制仍是未知的。目前,还没有稳健的纹状体细胞生成方案用于体外研究和替代治疗。




02. 案例设计和测序方案






英文:Unbiased identification of novel transcription factors in striatal compartmentation and striosome maturation


中 文:在纹状体分区和纹状小体成熟过程中鉴定到新转录因子


期 刊:eLife(IF:7.08)


数 据:材料是出生后3天(PND3)的Nr4a1-EGFP小鼠,通过荧光活化细胞分选(FACS)得到两类细胞:Nr4a1-EGFP阳性细胞群代表纹状小体,Nr4a1-EGFP阴性细胞群代表基质体,进行RNA-seq和ATAC-seq建库(图1)。


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